W 2000 r. nastąpiła kolejna reorganizacja: III LO im. B. Prusa utworzyło razem z Gimnazjum nr 18 Zespół Szkół Ogólnokształcących nr 3, którym do 2015 r. kierowała Małgorzata Sokół.
Liceum uzyskało w 2004 r. certyfikat „Szkoła z klasą”, w 2005 r. zostało uhonorowane Odznaką „Zasłużony dla Miasta Sosnowca”. Z okazji 90-lecia szkoły w 2005 r. miał miejsce III Zjazd Absolwentów.
W 2010 r. liceum otrzymało Złotą Odznakę Honorową za Zasługi dla Województwa Śląskiego. W 2015 r. odbyły się obchody 100-lecia liceum, w ramach których wydano m.in. nową monografię szkoły i zorganizowano IV Zjazd Absolwentów.
1 września 2016 r. szkołę przekształcono w III Liceum Ogólnokształcące Mistrzostwa Sportowego im. Bolesława Prusa.
W roku szkolnym 2020/2021 w 7 oddziałach uczyło się 152 uczniów.
Liceum szczyci się 39 laureatami i finalistami olimpiad przedmiotowych szczebla centralnego (50 sukcesów) oraz 21 laureatami i finalistami innych konkursów ogólnopolskich (25 sukcesów). Uczniowie szkoły mieli ponadto 28 znaczących osiągnięć w ogólnopolskich i międzynarodowych zawodach sportowych. Siatkarki od 40 lat wyróżniają się w regionie (liczne zwycięstwa w zawodach wojewódzkich) i mistrzostwach Polski (3 złote medale). Wiele zawodniczek Płomienia Sosnowiec i kilka wybitnych siatkarek reprezentacji narodowej wywodzi się z „Prusa”.