Rozmyślania i dyskusje dotyczące problemu niewolnictwa skłoniły Spoonera do napisania znanej pracy „An Essay on the Trial by Jury”, poświęconej niezależności sądownictwa.

W czasie po wojnie secesyjnej, powstała praca „Natural Law or the Science of Justice”, w której Spooner przedstawił uzasadnienie wszystkich swoich poglądów społecznych w postaci teorii prawa naturalnego. Prawo to wyraża niezbywalność uprawnień jednostki oraz ich pierwszeństwo przed prawem pozytywnym. W całej koncepcji widoczne jest echo filozofii J. Locke’a. Murray N. Rothbard określił Spoonera jako „ostatniego z wielkich teoretyków prawa naturalnego pośród anarchistów, klasycznych liberałów czy teoretyków moralności w ogóle”.

Różne przemyślenia przeplatały się w życiu Spoonera z działalnością praktyczną. Będąc konsekwentnym w swoich poglądach, podczas Wojny Secesyjnej odmówił poparcia obydwu stronom – Południowi, ponieważ było winne towarowego niewolnictwa, i Północy, ponieważ była ona winna „płacowego niewolnictwa” (jak określał pracę najemną) – i ponadto dlatego, że zabraniała ona prawa do odłączania się oraz „wszelkich prawdziwie wolnych zrzeszeń”.