Oddział Specjalny [OO] Czeka, był największym i najważniejszym pionem w tej instytucji, odpowiedzialny był za tzw. kontrwywiad ogólny, tzn. cywilny i wojskowy. Odpowiedzialny był za walkę z kontrrewolucją i sabotażem w Armii Czerwonej i urzędach wojskowych, inwigilację wyższych dowódców, badanie nastrojów w wojsku i ochronę granic. Oddziałem Specjalnym kierowali późniejsi szefowie GPU, OGPU i GUGB/NKWD, czyli Feliks Dzierżyński, Wiaczesław Mienżynski i Gienrich Jagoda.
Od lutego 1919 roku naczelnik Oddziału Specjalnego Czeka stał się równocześnie szefem tzw. Oddziałów Zarządów Specjalnych, w skład którego wchodziły i któremu podlegały Oddziały Specjalne gubernialnych jednostek Czeka, Oddziały Specjalne Frontów i armii oraz wszelkie inne oddziały i placówki specjalne.
Kontrwywiad wojskowy 1918-1943 w RFSRR i ZSRR Kontrwywiad wojskowy i wewnętrzny w Rosji bolszewickiej został utworzony 19 Grudnia 1918 roku jako Wydział Wojenny (военный отдел) przy strukturze Czeka, pod kierownictwem Michaiła Kiedrowa. Już w lutym 1919 roku (dokładnie 6-go lutego), Wydział Wojenny został przeformowany i nazwany Oddziałem Specjalnym nad którym kierownictwo w sierpniu 1919r przejął Feliks Dzierżyński, którego zastąpił 2 lipca Wiaczesław Mienżyński.