Powszechnie uważa się, że metylacja DNA jest konsekwencją wyciszania transkrypcji, a nie czynnikiem inicjującym ten proces. Powstało kilka teorii tłumaczących rolę tego procesu; może ona blokować ogólne mechanizmy kontroli ekspresji genów, a także stanowić ochronę przed transkrypcją różnych form inwazyjnego DNA. Zarówno u roślin jak i u zwierząt transgeny często są poddawane metylacji de novo co powoduje utratę ich funkcji.
Zazwyczaj mamy do czynienia z tzw. metylacją symetryczną (sekwencje postaci CpG lub CpNpG), te same sekwencje są metylowane w obu niciach DNA, (jeżeli będą odczytywane w przeciwległych kierunkach). Takie rozwiązanie znacznie ułatwia przekazywanie niezmienionego wzorca metylacji komórkom potomnym. Należy zauważyć, że zachowanie niezmienionego profilu metylacji jest konieczne do utrzymania prawidłowego profilu ekspresji białek w danej komórce. Jednakże ogólne zmiany we wzorze metylacji, zachodzące podczas wczesnego rozwoju ssaków muszą być związane z aktywnością de novo odpowiednich metylaz. Wzór metylacji ustala się jedynie raz w określonej linii komórek i następnie jest on sukcesywnie przekazywany w czasie kolejnych rund replikacyjnych poprzez aktywność innych metylaz DNA, zdolnych do rozpoznawania hemimetylowanego DNA (to znaczy takiego, w którym jedynie jedna nić zawiera zmetylowane nukleotydy).