Kolegium stało się drugą po Akademii Lubrańskiego szkołą średnią z kursami akademickimi w mieście. Szkoła miała 16 profesorów, w tym pierwszego rektora – Jakuba Wujka i ok. 300 studentów. Wykładano takie przedmioty jak: języki antyczne, matematyka, geometria, fizyka, filozofia, a od połowy XVIII wieku także prawo, czy fizykę eksperymentalną oraz języki współczesne. Szkoła, jak na owe czasy, była nowoczesna, gdyż wykłady z nauk przyrodniczych obejmowały również przeprowadzanie doświadczeń. Na terenie szkoły działało, poza bogato wyposażonymi gabinetami biologicznym i fizycznym, także obserwatorium astronomiczne i teatr szkolny. W czasach Komisji Edukacji Narodowej w programie nauczania znajdujemy też zoologię i ogrodnictwo. mały|lewo|329x329px|Wieża bramna, widok od ul. Klasztornej Jezuici próbowali przekształcić Kolegium w uniwersytet, na co otrzymali nawet zgodę papieża, która została jednak cofnięta wobec ostrej reakcji Akademii Krakowskiej, którego władze argumentowały, że dwa uniwersytety w Koronie stanowiłyby dla siebie jedynie konkurencję i jeden w zupełności wystarczy.