Wkrótce do Koniczynek dołączył jego były kolega z Danii, Jan Michaelsen, i dwaj rodacy stali się ich kluczowymi zawodnikami w bataliach Ligi Mistrzów. W sezonie 2001–02 ekipa dotarła do ćwierćfinału rozgrywek, gdzie wyeliminował ją FC Barcelona. Po zakończeniu sezonu Henriksen pojechał na kolejną wielką imprezę - Mistrzostwa Świata w Korei i Japonii. „Wikingowie” dotarli tam tylko do 1/8 finału. Po turnieju kapitan zespołu, Jan Heintze, ogłosił koniec kariery reprezentacyjnej, a René został przez Mortena Olsena mianowany jego następcą.
W 2004 Panathinaikos nareszcie odniósł triumf nad odwiecznym rywalem, Olympiakosem, i wygrał mistrzostwo Alpha Ethniki, uzupełniając to zdobyciem pucharu kraju. Henriksen został zaś powołany na Mistrzostwa Europy 2004. Po tym turnieju zdecydował się na rozstanie z kadrą. W sumie rozegrał w niej 66 spotkań, z czego 25 jako kapitan, nie zdobył żadnej bramki i otrzymał zaledwie dwie żółte kartki.
W lecie 2005 zdecydował się na powrót do ojczyzny, do klubu, którego jest wychowankiem. Grał on już wtedy w drugiej lidze i miał potężne problemy finansowe.