W 1453 roku, czyli w roku uzyskania praw miejskich, z fundacji Tomasza z Ruśca wzniesiony został pierwszy drewniany kościół. Kilkanaście lat później, w 1469 roku, biskup poznański, Andrzej z Bnina Opaliński, zatwierdził przy kościele parafię, mającą swą kaplicę w Ruścu. Parafia Nadarzyn była wówczas pod wezwaniem Nawiedzenia NMP i św. Leonarda i znajdowała się na terenie diecezji poznańskiej.
Z 1507 roku pochodzi pierwsze świadectwo istnienia osiedla żydowskiego w NadarzynieMaurycy Horn, Najstarszy rejestr osiedli żydowskich w Polsce w 1507 r., w: Biuletyn Żydowskiego Instytutu Historycznego 1974, nr 3 (91), s. 15..
W 1554 roku Zofia z Mrokowskich Nadarzyńska założyła pierwszą szkołę w Nadarzynie, a wkrótce potem wraz z Barbarą Pilikową pierwszy szpital pod wezwaniem Św. Ducha, który jednocześnie był przytułkiem dla ubogich. Mieścił się on przy obecnej ulicy Poświętnej, a w jego pobliżu stała figura Matki Bożej. Szpital przetrwał do czasów rozbiorów.
Nowy kościół na miejsce starego, zniszczonego i spalonego przez Szwedów, powstał w 1661 roku, a wzniesiony został przez Michała Karnkowskiego, wojewodę płockiego, starostę wyszogrodzkiego, dziedzica Walendowa, Nadarzyna i Wolicy jednocześnie.