Rodzaj Acer tradycyjnie klasyfikowany był zwykle do rodziny klonowatych Aceraceae, wspólnie z rodzajem dwuskrzydlak Dipteronia. Analizy filogenetyczne, zwłaszcza od lat 90. XX wieku wskazały jednak na zagnieżdżenie tych rodzajów w obrębie mydleńcowatych Sapindaceae. W nowszych systemach klasyfikacyjnych (APG II i późniejsze wersje, APweb, system Reveala z 2007) klonowate włączone są do tej rodziny w randze podrodziny lub plemienia. Pierwszymi, którzy włączyli klony do mydleńcowatych byli w 1862 George Bentham i Joseph Dalton Hooker.
Ostatni wspólny przodek klonów i dwuskrzydlaków żył w paleocenie.
Klasyfikację w obrębie rodzaju dzielącą gatunki na sekcje i serie na podstawie nie tylko cech morfologicznych, ale też danych molekularnych opracował w 2004 P.C. de Jongde Jong PC. 2004. World maple diversity. W: Wiegrefe SJ, Angus H, Otis D, Gregory P eds. International Maple Symposium, Westonbirt Arboretum and Royal Agricultural College in Gloucestershire, England, 2004. Gloucestershire: Westonbirt Arboretum. 2–11. Dalsze analizy molekularne zasadniczo potwierdziły jego klasyfikację. Drzewo filogenetyczne gatunków klonów obejmuje 6 głównych grup. Klad bazalny tworzą serie: Palmata (najliczniejsza, obejmująca 41 gatunków), Negundo (A. negundo, A.