Kolejny pożar dotknął klasztor i kościół 11 marca 1486 roku, kiedy to spalone zostały ornaty,r elikwiarze, książki, kielichy, pacyfikały, organy i inne drogocenne przedmioty. Siostry cysterki z trudem uratowały swoje życie. W dokumencie opatki z 1 maja 1487 roku można przeczytać, że spalony został cały klasztor.
Następne pożary notują kroniki z 1505 i 1595 roku, w ich wyniku klasztor został częściowo spalony.
Dopiero wzrastająca zamożność Śląska i jego rekatolicyzacja po zakończeniu wojny trzydziestoletniej w 1648 oraz przełomowa dla sojuszu habsbursko-polskiego zwycięska wojna religijno-narodowa z Turcją (bitwa pod Wiedniem w 1683) stworzyły sprzyjającą gospodarczo i politycznie bazę dla zwiększenia kultu św. Jadwigi, z którą identyfikowali się zarówno Polacy jak i katoliccy Habsburgowie. Pierwsze prace nad renowacją świątyni zaczęła w 1676 ksieni Krystyna Pawłowska. Barokizacja świątyni nastąpiła w dwóch głównych etapach.