Jadwigi wykonanych w pracowni najsłynniejszego malarza śląskiego baroku Willmanna. Malarz ten namalował też w 1685 obraz Męczeństwo św. Bartłomieja dla ówczesnego ołtarza głównego (obecnie w ołtarzu bocznym). Zarówno dla kaplicy św. Jadwigi jak i dla kościoła wykonano szereg ołtarzy (niezachowanych, z wyjątkiem jednego w kaplicy św. Jadwigi). Już po zakończeniu głównych prac w kościele, dobudowano jeszcze północną kruchtę w 1690.
Po przywróceniu świetności świątyni, zakonnice postanowiły odnowić bardzo wówczas zaniedbany klasztor. Okazało się, że naprawa zniszczonych budynków, zbudowanych w dodatku w niemodnym już stylu romańskim i zbyt małych jest zbyt kosztowna, dlatego w 1697 wyburzono stary klasztor i rozpoczęto budowę dwukrotnie większego, nowego zespołu gmachów zaprojektowanych przez wrocławskiego architekta Kalkbrennera. thumb|left|Rokokowa ambona Drugi etap barokizacji kościoła przypadł na okres 1730–1760. Zastąpiono wtedy ołtarze główne bazyliki i kaplicy św. Jadwigi (1730) i wszystkie boczne ołtarze (16 w bazylice i 5 w kaplicy św. Jadwigi) nowymi ołtarzami rzeźbionymi w stylu rokoko, zbudowano monumentalną rokokową ambonę w bazylice, zamówiono także szereg mniejszych prac, m.in. chrzcielnicę. Do wykonania tych prac zaproszono czołowych artystów Śląska.