Po wojnie wrócił do organizowania i wykonywania pracy naukowej w Poznaniu. W 1945 obronił rozprawę doktorską pt. "Szata roślinna torfowisk Pojezierza Brodnickiego", a w 1951 dysertację habilitacyjną pt. "Zagadnienia geobotaniczne Pomorza". W latach 1952–53 profesor Z. Czubiński był prodziekanem Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi, a następnie jego dziekanem. 20 grudnia 1954 mianowany profesorem nadzwyczajnym.
W 1960 został członkiem korespondentem PAN.
Zmarł w Poznaniu, gdzie został pochowany 4 lutego 1967 na Cmentarzu komunalnym na Junikowie (pole 11, rząd 8, miejsce 9).
Publikacje (wybór)
Torfowiska mszarne Wielkopolski i ich ochrona. Materiały do inwentarza rezerwatów przyrody na Odzyskanych Ziemiach Zachodnich. Przyroda żywa Doliny Odry i jej ochrona. Zagadnienia geobotaniczne Pomorza. O racjonalną sieć rezerwatów przyrody Pomorza.
Odznaczenia Za życia uzyskał 4 nagrody ministerialne, odznaczony także Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski. Pośmiertnie uhonorowany Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski.