Rozwiązanie drużyny – lata 90. XX wieku Po spadku z III ligi kolejne 10 sezonów to występy radomian na boiskach ligi okręgowej oraz IV ligi. W sezonie 1994/95 rozgrywki IV ligi radomsko-lubelskiej Radomiak II zakończył na 14. miejscu i tym samym został zdegradowany do ligi okręgowej. W tym czasie pierwszy zespół Radomiaka spadł do III ligi, więc zarząd zdecydował rozwiązać drugą drużynę. To był początek najgorszego okresu w historii klubu.
Reaktywacja – 2001 rok Po 6 latach przerwy drużynę zgłoszono do rozgrywek w B-klasie. Trzy lata później z 1. miejsca w grupie awansowała do A-klasy. Uzupełniana zawodnikami z II-ligowego zespołu wywalczyła wicemistrzostwo ligi i awansowała do klasy okręgowej. Radomiak II zajął dwunaste miejsce dające utrzymanie. W następnym sezonie piłkarzom zabrakło 2 punktów do uniknięcia spadku. Po sezonie spędzonym w A-klasie drużyna po raz kolejny została rozwiązana. Ostatnie dwa mecze wyjazdowe oddała walkowerem, a w klasyfikacji końcowej sezonu 2007/08 zajęła 4. miejsce.
Jesienią 2009 roku nastąpiła kolejna reaktywacja. Rok później zespół awansował do A-klasy, a po trzech latach, w sezonie 2012/13 do ligi okręgowej.