Dokonali tego jednocześnie i niezależnie lekarz armii amerykańskiej George Sternberg i francuski badacz Ludwik Pasteur wraz z Charlesem Chamberlandem.
W 1884 organizm ten został po raz pierwszy zdiagnozowany taksonomicznie przez Edwarda Kleina pod nazwą Diplococcus pneumoniae (dwoinka zapalenia płuc), którą w 1980 zmieniono na Streptococcus pneumoniae (za nazewnictwem Chestera z 1901 roku).
Bakteria ta odegrała kluczową rolę w wykazaniu, że materiał genetyczny składa się z DNA. W 1928 Frederick Griffith wykazał występowanie transformacji żywych, nieszkodliwych pneumokoków do postaci zdolnej wywoływać śmiertelną chorobę poprzez inokulację tych pierwszych do ciała myszy razem z zabitymi ciepłem, zjadliwymi pneumokokami. W 1944 Oswald Avery, Colin MacLeod i Maclyn McCarty wykazali, że czynnikiem wywołującym transformację w eksperymencie Griffitha było DNA, a nie białka, jak powszechnie uważano w tamtym czasie. Prace Avery’ego zaznaczyły narodziny epoki genetyki molekularnej.
Morfologia Dwoinka zapalenia płuc ma kształt kulisty lub zbliżony do kuli, średnicę około 1 μm i jest zaliczana do ziarniaków.