Bakterie mogą przedostać się do krążenia, wywołując posocznicę, przedostać się do opon mózgowych, stawów i kości.
Streptococcus pneumoniae posiada kilka czynników zwiększających jego wirulencję, w tym wspomnianą otoczkę polisacharydową, która pozwala ominąć układ odporności nosiciela. Pneumokokowe białka powierzchniowe, hamujące aktywację dopełniacza oraz wydzielany enzym IgA1 proteazę, niszczącą przeciwciała Iga produkowane przez zakażonego.
Ryzyko infekcji pneumokokowej wzrasta u ludzi z zaburzeniami produkcji przeciwciał IgG, fagocytozy bądź upośledzoną funkcją nabłonka dróg oddechowych. Brak śledziony (po zabiegu splenektomii, wrodzona asplenia, choroba komórek sierpowatych) predysponują do cięższego przebiegu schorzenia.
Diagnostyka mały|Wygląd po teście Neufelda, obszar wokół drobnoustroju to otoczka bakteryjna mały|Obraz w mikroskopie fluorescencyjnym, widać obraz dwoinek W przypadku podejrzenia zakażenia pneumokokami z biomateriału wykonuje się posiew oraz barwienie mikroskopowe. Posiew umożliwia wykonanie antybiogramu, a w konsekwencji ustalenia lekooporności szczepu.