Microsoft Allen i Gates zarejestrowali Microsoft w mieście Albuquerque w stanie Nowy Meksyk w roku 1975. Początkowo przedsiębiorstwo nazywało się „Micro-Soft” i sprzedawało interpreter języka BASIC. Nazwę „Micro-Soft” wymyślił Allen, nawiązywała ona do faktu, że firma produkowała oprogramowanie dla komputerów, które były bardzo małe w porównaniu z rozmiarami ówczesnych urządzeń komputerowych (nie istniało wówczas jeszcze określenie PC). Allenowi udało się nawiązać kontakt z koncernem IBM. Zaproponował im sprzedaż systemu operacyjnego QDOS za 50 tys. dolarów. Podpisany kontrakt obejmował rozwój systemu oraz wsparcie dla jego użytkowników. IBM wybrał ten system jako główny dla nowo stworzonej przez siebie klasy komputerów PC wprowadzonych do sprzedaży w 1981 roku. Ogromny rozwój tej architektury maszyn liczących doprowadził w latach 80. i 90. XX wieku do sukcesu Microsoftu.
Allena zmusiła do rezygnacji z pracy w Microsofcie wykryta u niego choroba nowotworowa. Odszedł z firmy w latach 80., formalnie pozostawał jednak w zarządzie do roku 2000. Chorobę dało się wyleczyć po wielomiesięcznej radioterapii.