Później jednak reprezentacja znów popadła w przeciętność. Chociaż drużyna awansowała do Mundialu 1990 i 1998, to w obu zaprezentowała się bardzo słabo, odpadając już po fazie grupowej.
Z kolei w finałach mistrzostw Europy piłkarze austriaccy zadebiutowali dopiero w roku 2008, będąc obok Szwajcarii współgospodarzem turnieju. Spisali się w nich słabo odpadając już w fazie grupowej po jednym remisie (z Polską 1:1), oraz dwóch porażkach (z Niemcami i Chorwacją po 0:1)
Po nieudanych eliminacjach do Mundialu 2006 zwolniony został Hans Krankl. Jego następcą od stycznia 2006 do 2008 roku był Josef Hickersberger. Po nim reprezentację Austrii prowadzili kolejno Karel Brückner, Didi Constantini, tymczasowo Willibald Ruttensteiner, oraz Marcel Koller. Pod jego wodzą reprezentacja Austrii po raz pierwszy w historii (nie licząc debiutu w 2008 roku jako współgospodarza), awansowała do Mistrzostw Europy 2016. W swojej grupie eliminacyjnej (Rosja, Szwecja, Czarnogóra, Liechtenstein, Mołdawia) zajęli pierwsze miejsce z 28 punktami po dziewięciu zwycięstwach i jednym remisie, co pozwoliło im awansować bezpośrednio na ten turniej.