Trudności związane z ogromnymi rozmiarami migracji powojennych, a zwłaszcza niska efektywność mechanizmu transferów ludności skłoniły władze do powołania nowego urzędu, tzw. „Generalnego Pełnomocnika Rządu do spraw Repatriacji”.
W efekcie utworzenia urzędu „Generalnego Pełnomocnika Rządu do spraw Repatriacji” znaczenie PUR-u zostało ponownie znacznie pomniejszone – odtąd zajmował się on tylko organizowaniem transportu osób przesiedlonych i roztaczaniem nad nimi opieki na terytorium kraju (w nowych granicach), natomiast wszelkie inne pola aktywnej działalności w sferze przemieszczeń ludności leżały w kompetencji Generalnego Pełnomocnika.
Na ziemiach wchodzących w skład pojałtańskiej Polski PUR tworzył oddziały wojewódzkie obejmujące swym zasięgiem działania województwo, na pozyskanych wyrokami konferencji poczdamskiej ziemiach zachodnich i północnych – oddziały okręgowe, obejmujące po kilkanaście powiatów, z tym jednak, iż część tych terenów wyłączono spod zarządu oddziałów okręgowych i powierzono bezpośrednio oddziałom wojewódzkim w Białymstoku, Katowicach i Poznaniu. Hierarchiczna struktura urzędu była rozbudowana o kolejny dolny szczebel systemu organizacyjnego PUR: stanowiły go oddziały powiatowe.