Na występ na kolejnej wielkiej imprezie Rosjanie musieli czekać sześć lat. Nie zdołali zakwalifikować się bowiem kolejno do MŚ 1998, oraz Euro 2000. Na koreańsko-japońskich boiskach przyszło im grać w grupie H razem ze współgospodarzem imprezy Japonią, oraz Belgią i Tunezją. Po jednym zwycięstwie z Tunezją 2:0 przyszły dwie porażki (z Japonią 0:1 oraz Belgią 2:3). Reprezentacja zakończyła więc zmagania grupowe na trzecim miejscu z trzema punktami i pożegnała się z turniejem. Na Euro 2004 z kolei rosyjska ekipa grała w grupie A razem z gospodarzem mistrzostw Portugalią, Grecją i Hiszpanią. Po jednym zwycięstwie z Grecją 2:1 i dwóch porażkach (z Hiszpanią 0:1 oraz Portugalią 0:2) Rosja z trzema punktami zajęła ostatnie miejsce w grupie i odpadła z turnieju.
Dwa lata później po nieudanych eliminacjach do Mundialu 2006 do dymisji podał się Jurij Siomin. W połowie kwietnia 2006 roku szefowie federacji ogłosili, że nowym trenerem kadry będzie Guus Hiddink. Holender przejął stanowisko selekcjonera po mistrzostwach świata. Do tego czasu reprezentację prowadził Aleksandr Borodiuk. Pod wodzą Guusa Hiddinka Rosjanie wywalczyli awans do Euro 2008.