Reprezentacja Słowacji w piłce nożnej pierwszy mecz międzypaństwowy zagrała w 1939 roku. Do 1944 wystąpiła jeszcze szesnaście razy. Później, aż do 1992 roku, piłkarze słowaccy grali w barwach Czechosłowacji.

Słowacki Związek Piłkarski powstał w 1938 roku. Od 1994 roku jest członkiem FIFA, a od 1993 – UEFA.

W 1992 roku Słowacja znów pojawiła się na piłkarskiej mapie Europy. W kolejnych kwalifikacjach do finałów mistrzostw świata i Europy (Słowacy zaczęli występy międzynarodowe od eliminacji do Euro 1996) drużyna nie odniosła sukcesu.

Jednak futbol słowacki cały czas się rozwija, o czym świadczyć może awans (po wyeliminowaniu Celtiku i Partizanu Belgrad) Petržalki do Ligi Mistrzów w sezonie 2005-06 oraz udany start reprezentacji w eliminacjach do Mundialu 2006. Podopieczni Dušana Galisa wyprzedzili w grupie m.in. Rosję i pierwszy raz w historii awansowali do barażów, w których przegrali z Hiszpanią (1:5 i 1:1). Niedługo potem następcą Dušana Galisa na stanowisku selekcjonera reprezentacji Słowacji został Ján Kocian. Jego z kolei w 2008 roku zastąpił Vladimír Weiss.