Pod koniec 1909 ustąpił ze stanowiska (w prasie polskiej podano, że doszło do tego w związku z jego przekonaniami katolickimi oraz na skutek presji francuskiej masonerii).
W 1911 wrócił do Europy i od czerwca do maja 1918 pozostawał ministrem pełnomocnym przy dworze króla belgijskiego Alberta I. Swoje wspomnienia z tego okresu opisał w pamiętniku Wspomnienia z Belgii. Za wybuch I wojny światowej Kłobukowski w swoich wspomnieniach jednoznacznie obwinia Niemcy i przytacza na to wielorakie dowody. Po wojnie Clemenceau mianował go pierwszym Dyrektorem Informacji i Propagandy. Ostatnim jego zadaniem służbowym było reprezentowanie Francji w komisji repatriacyjnej działającej na terenie dawnych Austro-Węgier.
Był wysyłany w najbardziej zapalne miejsca, gdzie łagodził konflikty i przyczyniał Francji sympatii i zwolenników. Zwłaszcza w Indochinach tubylców nigdy nie traktował jako ludzi gorszych a ich ziem jako kolonii. Rozwinął tam sieć szkół podstawowych, średnich, zawodowych, także dla dziewcząt. Starał się o poprawę opieki zdrowotnej. Wychodził z inicjatywami pozwalającymi uruchomić eksploatację miejscowych surowców na bazie przedsiębiorstw francusko-miejscowych.