3 listopada 1722 roku nowo wybrany wielki mistrz António Manoel de Vilhena wydał rozkaz restauracji i renowacji Mdiny. Zadanie to powierzono francuskiemu architektowi i inżynierowi wojskowemu Charlesowi François de Mondion, który wprowadził do wciąż w dużej mierze średniowiecznego miasta silne elementy baroku francuskiego. Wówczas znaczna część fortyfikacji oraz wejście do miasta zostały całkowicie przebudowane. Pozostałości Castellu di la Chitati zostały zburzone, aby zrobić miejsce dla Palazzo Vilhena, a główną bramę miejską zamurowano i w pobliżu wzniesiono nową Mdina Gate. Wybudowano także kilka budynków publicznych, w tym Banca Giuratale oraz Corte Capitanale. Ostatnim większym dodatkiem do fortyfikacji Mdiny był Bastion Despuig, ukończony w 1746 roku.
Okupacja francuska i rządy brytyjskie 10 czerwca 1798 roku Mdina została zajęta przez wojska francuskie bez większego oporu podczas francuskiej inwazji na Maltę. W mieście pozostał francuski garnizon, jednak 2 września tego samego roku wybuchło powstanie maltańskie. Następnego dnia powstańcy weszli do miasta przez poternę i dokonali masakry garnizonu liczącego 65 żołnierzy. Wydarzenia te zapoczątkowały dwuletnie powstanie i blokadę, a Maltańczycy utworzyli Zgromadzenie Narodowe, które obradowało w Banca Giuratale w Mdinie.