Po rozpoczęciu okupacji Polski przez wojska III Rzeszy, na mocy uchwały Rady Kościoła z 14 października 1939 Ewangelicki Kościół Unijny na polskim Górnym Śląsku uległ rozwiązaniu. Jego dotychczasowe parafie stały się częścią Ewangelickiego Kościoła Unii Staropruskiej, a parafia w Lublińcu weszła w skład należącej do niego diecezji bytomskiej.
W związku z zakończeniem działań wojennych w 1945, na terenie administrowanych dawniej przez Ewangelicki Kościół Unijny działalność duszpasterską rozpoczęli księża z Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w RP. Zgodnie z ustawą z dnia 4 lipca 1947 wszystkie parafie wchodzące uprzednio w skład kościoła górnośląskiego stały się częścią kościoła ewangelicko-augsburskiego. W 1950 lubliniecka parafia liczyła 60 członków, a w 1960 liczba ta wynosiła już tylko 36 wiernych.
Budynek kościoła ewangelickiego w Lublińcu istniał do 1972, kiedy to ze względu na zły stan techniczny został rozebrany. Wtedy to parafia została rozwiązana, a miejscowa wspólnota luterańska stała się zborem filialnym w strukturach parafii w Częstochowie. Nabożeństwa odbywały się w budynku dawnej plebanii przy ul. Plebiscytowej, w którym została urządzona kaplica.