W roku 1818 utworzono diecezję janowską, a Janów stał się siedzibą jej biskupów. Po upadku powstania styczniowego w 1864 roku, w którym mieszkańcy wzięli licznie udział, władze zaborcze skasowały diecezję (1867). Przyczyną była także obawa przed oddziaływaniem i pomocą katolików dla unitów. W 1874 prześladowania unitów poprzedzające likwidację unickiej diecezji chełmskiej dotknęły również unitów janowskich – około stu zostało uwięzionych. Brak połączeń kolejowych oraz przemysłu pod koniec XIX wieku i początku wieku XX zdecydował o zahamowaniu rozwoju miasta. W latach 1918–1932 Janów był siedzibą powiatu konstantynowskiego, ale nie wpłynęło to na ożywienie gospodarcze.
W czasie II wojny światowej zginęła znaczna liczba mieszkańców, głównie Żydów. W roku 1944 Janów liczył 2 tys. mieszkańców (połowa stanu z 1939 roku). Podczas II wojny światowej (1940) stracił prawa miejskie. W sierpniu 1944 uchylono podział administracyjny wprowadzony przez okupantaDz. U. z 1944 r. Nr 2, poz. 8., przez co Janów tymczasowo odzyskał status miasta (posiadał taki jeszcze 28 czerwca 1946)GUS (1947). Powszechny Sumaryczny Spis Ludności z dn. 14 II 1946 r., Warszawa: GUS.. Późniejsze publikacje (od 1947) Janowa jako miasta nie wymieniają (wieś w gminie Janów Podlaski).