II wojna czeczeńska Po wybuchu kolejnej wojny, został mianowany dowódcą osobistych odwodów Asłana Maschadowa. W 2000 roku został ranny w walce lub, według innych danych, wskutek wejścia na minę. W listopadzie 2000 roku został przedstawicielem prezydenta w Turcji, a potem na Zachodzie Europy. Był również negocjatorem w rozmowach ze stroną rosyjską w 2001 i 2002 rokuДело Закаева.Закаев проведет в тюрьме 2 недели..
Aresztowanie w Kopenhadze W dniach 28–29 października 2002 roku w Kopenhadze odbył się Światowy Kongres Czeczenów, którego jednym z organizatorów był Ahmad Zakajew. Rosja wniosła protest, oskarżając Czeczenów o działalność terrorystyczną. Wedle rosyjskich oskarżeń, Zakajew był zamieszany w przygotowanie ataków terrorystycznych, w tym ataku na teatr na Dubrowce. Dlatego Zakajew został 30 października aresztowany przez duńską policjęДатская полиция арестовала Ахмеда Закаева.Заявление МИД России в связи проведением в Копенгагене “Всемирного чеченского конгресса”.Россия передала Дании материалы на 77 участников «чеченского конгресса».. Kiedy Rosja zażądała jego ekstradycji, Dania odmówiła z powodu uchybień proceduralnych i braków formalnych we wniosku.