W trakcie procesu wyszły na jaw różne nieprawidłowości w oskarżeniu. Jeden ze świadków zaprzeczył, jakoby znał Zakajewa, zarzutów przeciwko niemu nie podnosił wzmiankowany wyżej zakonnik, a znany tylko pod pseudonimem świadek zaprzeczył, jakoby Zakajew pozbawił go palców na rękach, jak świadczyły dokumenty. Anna Politkowska napisała później artykuł, w którym twierdziła, że osoba ta palce utraciła na długo przedtem, a do świadczenia przeciw Zakajewowi została przez władze zmuszona..
24 lipca 2003 roku przed sądem wystąpił były ochroniarz Zakajewa, Duk-Basza Duszajew, którego wcześniejsze zeznania (anonimowe) mocno obciążały Zakajewa. Duszajew potwierdził, że to on jest autorem zeznań, ale wyjawił, że zostały one wymuszone od niego torturami i że nie są prawdziweСвидетель: Я оговорил Закаева под пытками.. Sędzia zwrócił się do strony rosyjskiej o wyjaśnienia. Zastępca Prokuratora Generalnego Federacji Rosyjskiej stwierdził wówczas, że jest to „prowokacja ze strony tych, którzy działają za pieniądze Borisa Bieriezowskiego”. Wyjaśnienia śledczego prokuratury w Groznym Konstantina Kriwotorowa, jakoby Duszajew sam zgłosił się na przesłuchanie, zostały obalone.