Konwersja z PlayStation 2 na PC nie była natomiast dokładna – zamiast klawiszy widoczne były przyciski pada, co utrudniało sterowanie klawiaturą. Ustawienia grafiki nie były wkomponowane w silnik gry. Konsekwencją konwersji bezpośredniej były też brak trybu wieloosobowego poprzez Internet (istniał jedynie tryb hotseat) – której pozbawiony nie był konkurent, FIFA – oraz niezoptymalizowany silnik, co spowodowało, że wymagania sprzętowe były wysokie.
Konami podpisało podczas tworzenia PESa 3 umowę z Adidasem, co pozwoliło wprowadzić stroje tej firmy do gry. Zakupiono też kilka nowych licencji, dzięki czemu rozgrywkę można było prowadzić większą liczbą prawdziwych zespołów (ale głównie reprezentacji narodowych – klubów licencjonowanych było jedynie kilka na 64 dostępne, m.in. AS Roma). Nadal biedna była ilość prawdziwych nazwisk i twarzy piłkarzy.
Na okładce „trójki” pojawił się włoski sędzia Pierluigi Collina, który jednak nie występuje w samej grze.
W grze występuje 65 reprezentacji narodowych i 64 kluby.