Na początku lat 90. partia zrezygnowała z radykalnych postulatów gospodarczych i przyjęła gospodarkę wolnorynkowąSampson 2011, s. 434–445, 473; Meredith 2010, s. 497.. Wysiłki Mandeli w kierunku pojednania złagodziły obawy białych, ale przysporzyły mu krytyki ze strony radykalniejszych czarnych. Wobec ANC pojawiły się oskarżenia o to, że bardziej niż o pomoc czarnym mieszkańcom zainteresowana jest uspokojeniem białych mieszkańcówSampson 2011, s. 491, 496, 524; Meredith 2010, s. 517, 536.. ANC zwyciężyła w wyborach parlamentarnych w kwietniu 1994 roku (62,6%) i prezydenckich (Nelson Mandela został prezydentem). Partia ponownie zwyciężyła w kolejnych wyborach parlamentarnych (1999) roku, uzyskując 66% głosów. 16 czerwca 1999 roku prezydentem został nowy lider Kongresu – Thabo Mbeki. Dominację ANC w życiu politycznym RPA potwierdziły także wybory 10 kwietnia 2004 roku, w których Kongres uzyskał prawie 70% głosów. W okresie rządów Kongresu Narodowego doszło do rozłamów, w wyniku których niezadowoleni z władz partii założyli w 2009 roku Kongres Ludu skupiający bardziej liberalnych członków partii. W 2013 roku z kolei rozłamową partię Ruch Bojowników o Wolność Gospodarczą założył były członek Kongresu, Julius Malema.