W 1872 otrzymał Pour le Mérite za Naukę i Sztukę.
W roku 1873 Lepsius został dyrektorem Biblioteki Królewskiej. Zmarł 10 lipca 1884 w Berlinie na raka żołądka.
Zasługi dla nauki thumb|230px|Świątynia w Abu Simbel (plansza z Denkmaeler aus Aegypten und Aethiopien) Uzupełnienie i poprawienie systemu odczytywania hieroglifów Champolliona oraz uzyskanie nowych dowodów na prawidłowość tego systemu i zdobycie uznania świata nauki dla niego. Chronologia i usystematyzowanie dziejów starożytnego Egiptu. Odkrycie Księgi Umarłych i wydanie pierwszego jej tekstu w 1842. Odkrycie, że ruiny Meroe nie są pozostałościami po cywilizacji wcześniejszej niż staroegipska (jak wówczas powszechnie sądzono), lecz że Meroe przejęło spuściznę klasycznej kultury egipskiej i największe znaczenie uzyskało po XXV dynastii. Odnalezienie nowych piramid, w wyniku czego liczba odkrytych wówczas piramid wzrosła do 67 obiektów (obecnie znanych jest 108 piramid władców Egiptu). Odkrycie nowego rodzaju grobowca – mastaby – i zbadanie 130 takich grobów.