Czasy Habsburgów i kościół gotycki thumb|Widok katedry od strony północno-wschodniej Za panowania króla Albrechta I zapadła decyzja wzniesienia nowego gotyckiego chóru. Prace rozpoczęto w 1304 r. W 1340 za panowania następcy Albrechta I, Albrechta II Kulawego poświęcono trójnawowy chór, zwany od imienia fundatora albertyńskim, w formie trójnawowej hali o szerokości dawnego romańskiego transeptu z prezbiterium na osi. Za czasów panowania Rudolfa IV (lata 1358-1365) w 1359 r. rozpoczęto budowę korpusu nawowego o odmiennej strukturze – w formie tzw. pseudohali (światło pada z okien naw bocznych niższych od nawy głównej) nakrytej wspólnym dachem. W celu zintegrowania dawnego westwerku z nawami dobudowano dwie kaplice przeznaczone dla fundatora. Po obu bokach transeptu zaczęto wznosić wieże z kaplicami, które pierwotnie miały mieć taką samą formę i wysokość, jednak w całości wzniesiono jedynie wieżę południową (lata budowy 1396-1433). W 1511 przerwano budowę wieży północnej. Za panowania Rudolfa IV powołano niezależną od biskupów Pasawy kapitułę katedralną pw. Wszystkich Świętych (obecnie drugie wezwanie świątyni). W 1469 r., za panowania cesarza Fryderyka III, podniesiono kościół do rangi katedry.