Jest to swego rodzaju trójnawowa pseudohala z mocno uwydatnionym starszym tzw. chórem albertyńskim z prezbiterium pośrodku oraz najstarszą częścią – dwuwieżowym masywem zachodnim. Wewnątrz znalazła się reprezentacyjna empora przeznaczone dla kapituły kościelnej (założona przez Rudolfa IV). Po bokach dobudowano prostokątne w planie przybudówki pierwotnie mieszczące m.in. skarbiec, gdzie król Rudolf IV przechowywał swój zbiór relikwii, za przybudówkami znajdują się wieloboczne w planie przedsionki z reprezentacyjnymi bramami Książęcą i Śpiewaków. Ponadto do wschodniej części korpusu nawowego przylegają wielkie wieże z kaplicami św. Barbary (po stronie północnej) oraz św. Katarzyny (po stronie południowej). Część wschodnia również posiada trzy nawy, przy czym boczne nawy są krótsze o jedno przęsło niż prezbiterium. Każda z nich jest zamknięta poligonalnie. Wnętrze korpusu nawowego nakryte jest sklepieniem sieciowym, natomiast chór albertyński sklepieniem krzyżowo-żebrowym. Profilowane żebra sklepień spływają na służki, które przylegają do potężnych wiązkowych filarów międzynawowych, oraz do murów obwodowych. Elementy konstrukcyjne posiadają także bogatą dekorację rzeźbiarską, która tworzą zworniki sklepień, wsporniki służek oraz kapitele filarów. W stosunku do korpusu nawowego chór albertyński jest niższy, co jest widoczne wewnątrz świątyni.