W miarę upływu lat stan jego zdrowia ulegał systematycznemu pogorszeniu. Podczas kwesty pod koniec 1938 rozchorował się na tyle poważnie, że musiał niebawem powrócić z niej do klasztoru. 2 stycznia 1939 br. Alojzy położył się do łóżka, a wezwany do niego lekarz Roman Wojtaszek stwierdził zapalenie płuc. Trawiony chorobą przy pomocy br. Jacka Krauzego OFM opasał się zakonnym paskiem, w ręce miał koronkę seraficką, którą stale nosił przy pasku, na szyi karmelitański szkaplerz i krzyż z relikwiami, który często całował. Prosił też, aby przy łóżku zawieszono obraz Matki Bożej. Zmarł w swojej celi 4 stycznia 1939 około godz. 20:00 w obecności modlących się współbraci. Po śmierci, zgodnie ze zwyczajem, zwłoki położono na podłodze celi zmarłego, później dębową trumnę, w której je złożono, wystawiono w rozmównicy, a w końcu w przeddzień pogrzebu przeniesiono ją do kościoła. Pochowano go początkowo po decyzji gwardiana o. Sabina Rakiewicza OFM, 7 stycznia na cmentarzu przykościelnym w Wieliczce. thumb|250px|Symboliczny, pierwotny grób br. Alojzego Kosiby na dziedzińcu Zespołu Kościelno-Klasztornego oo.