Po ogłoszeniu mobilizacji 23 września 1938 eskadra została przeniesiona na lotnisko Horní Měcholupy pod Pragą, skąd strzegła przestrzeni nad stolicą. 27 września doszło do pierwszego bojowego lotu i kontaktu Františka z nieprzyjacielem. Po ogłoszeniu alarmu poleciał wraz z dwoma innymi samolotami na przechwycenie fotografującego rozpoznawczego Dorniera Do-17P, lecz przestarzałe czeskie samoloty nie zdołały doścignąć Dorniera, który zwiększył prędkość i zaczął się szybko wznosić.
W Polsce Po zajęciu Czechosłowacji przez Niemcy (15 marca 1939) postanowił uciec z kraju i razem z kilkoma kolegami przedostał się 13 czerwca przez granicę w okolicach Szumbarku na Zaolziu (obecnie część Hawierzowa) do Polski (wbrew popularnej wersji nie uciekł samolotem). Zgłosił się do czechosłowackiego konsulatu w Krakowie i w czerwcu-lipcu 1939 przebywał w Bronowicach Małych, gdzie znajdował się punkt zborny skupiający czechosłowackich wojskowych uciekinierów. Z początku polskie władze nie były zainteresowane wykorzystaniem czechosłowackich lotników, dlatego czechosłowackie władze emigracyjne zdecydowały o przemieszczeniu ich do Francji.