W tym czasie klan Stopa stał się organizacją przestępczą.
Gdy Yoshi wrócił z eksploracji kanałów, znalazł żółwiki w lśniącej substancji. Był to potężny mutagen, który, każdego kto go dotknął, przemieniał w zezwierzęconą ludzką postać. Rodzaj mutacji zależał od zwierzęcia, z którym osobnik spędzał najwięcej czasu. Żółwie zaczęły przybierać ludzką formę, bo spędzały dużo czasu z Yoshim. Cztery żółwie nadały Yoshiemu przezwisko Splinter. Ponieważ Yoshi bardzo lubił sztukę, każdemu z żółwi nadał imiona po swoich czterech ulubionych artystach renesansu: Donatello, Raphael, Leonardo i Michelangelo. Tak stali się Wojowniczymi Żółwiami Ninja (Teenage Mutant Ninja Turtles).
Główni bohaterowie Wojownicze Żółwie Ninja: Leonardo – żółw z niebieską maską. Jako broń dzierży dwie katany. Jest liderem żółwi i najpoważniej z nich podchodzi do nauk Splintera. Nie ma sobie równych w walce na miecze. Donatello – żółw z fioletową maską. Walczy przy użyciu drewnianego kija (bo), które może rozbroić każdy mechanizm. Jest najbardziej inteligentny z żółwi i stara się unikać walki. Czyni go to najmniej agresywnym członkiem grupy. Raphael – żółw z czerwoną maską. Żaden miecz na Ziemi nie pokona jego sztyletów sai. Jest antybohaterem drużyny. Może być na przemian sarkastyczny, agresywny lub pełen zawiści. Michelangelo – żółw z pomarańczową maską.