Występują też pnie drzew tylko nieznacznie skrzemionkowane. Są to zazwyczaj stosunkowo młode skamieniałości (kilka tysięcy lat) i z tego wynika ich niecałkowite skrzemienienie. Pnie takie zwane czarnym dębem występują w osadach rzecznych Europy, a zwłaszcza Polski i są cennym surowcem używanym do wyrobu luksusowych mebli.
Wystąpienia skrzemieniałego drewna Najbardziej znanym złożem jest Skamieniały Las koło Holbrook w Arizonie (USA). Można tam znaleźć skrzemieniałe pnie późnotriasowych drzew z rodziny araukariowatych, do 65 m długości i 3 m średnicy (sprzed około 200 mln lat). Krzemionka jest tam wielobarwna, częste są też pustki wypełnione ametystem. Nigdzie indziej skrzemieniałe drewno nie jest tak pięknie ubarwione. Obszar "Skamieniałego Lasu" w 1962 r. został ogłoszony parkiem narodowym. Od tego czasu pozyskiwanie i wywóz okazów jest zabronione, choć ciągle trwa nielegalne wydobycie.