Lokalizacja wraku MS „Estonia” rozpoczęła się dzień po katastrofie, 29 września 1994. Wrak odnaleziono 30 września 1994. Wrak został sfilmowany przez podwodną kamerę ROV 2 października 1994, a następnie bardziej szczegółowo w dniach 9–10 października 1994 oraz 19 lipca 1996. Furta MF Estonii została odnaleziona 18 października 1994. Została wydobyta na powierzchnię 18 listopada 1994 i przetransportowana do Hanko w Finlandii. Nurkowania do wraku, włączając badanie dna promu oraz mostka, miały miejsce 2–5 grudnia 1994.
Komunikacja Rozmowa między MF Estonia a fińskimi statkami prowadzona jest początkowo w języku angielskim, a następnie fińskim, gdyż język estoński jest podobny do fińskiego, a ponieważ oficerowie MF Estonia go rozumieli, w tym języku prowadzono komunikację. Natomiast rozmowa między fińskimi statkami prowadzona jest po szwedzku, gdyż kapitanowie tych statków wywodzili się ze szwedzkojęzycznej części społeczności Finlandii i łatwiej było im mówić w języku szwedzkim niż fińskim.