Wersje aplikacji podlegają zasadom numeracji wersji oprogramowania. Aktualna wersja programu nosi numer 1.5. Zmiany numeru minor (x.y) sygnalizują zmianę całego pakietu gry, łącznie z jej zasobami dźwiękowymi i graficznymi. Zmiany numeru release (x.y.z) sygnalizują wydanie łaty, tj. zmienionego pliku wykonywalnego gry, którego zadaniem jest wyeliminowanie powstałych w poprzedzających go wydaniach błędów. Łaty rozprowadzane są także poza pełnym pakietem instalacyjnym gry.
Wersje Twórcy Icy Tower utrzymują kontakt z jej graczami i uwzględniają ich opinie, opracowując nowe wersje programu. Lista ważniejszych wprowadzonych dotychczas zmian obejmuje:
Plik rekordów (1.1) Automatycznie generowany i aktualizowany plik przechowujący informacje o bieżących rekordach gracza. Mógł on zostać wysłany na ówczesną oficjalną listę rekordów. Pliki powtórek (1.2) Niewielkie pliki przechowujące przebieg wybranej gry wraz z 30-literowym podpisem jej twórcy. Wprowadzenie tego rozwiązania podniosło wiarygodność list rekordów, ponieważ wysyłane do nich powtórki mogą być weryfikowane dokładniej niż wykorzystywane w poprzedniej wersji pliki tekstowe. System zapisu i odczytu powtórek udoskonalano równolegle z całym programem. Utrudniono m.in.