11 stycznia 2006 został dyrektorem Biura Edukacji Publicznej IPN. 9 kwietnia 2009 usunięto go z tego stanowiska. Decyzję tę podjęto po tym, jak w wywiadzie dla radia Tok FM Jan Żaryn stwierdził, że Lech Wałęsa otrzymał tzw. status pokrzywdzonego bezprawnie. Objął następnie funkcję doradcy prezesa IPN Janusza Kurtyki, którą pełnił do jego śmierci w 2010.
Jego publikacje ukazały się m.in. w „Acta Poloniae Historica”, „Kwartalniku Historycznym”, „Biuletynie IPN”, „Przeglądzie Katolickim”, „Ładzie”, „Gazecie Niedzielnej” w Londynie, „Gazecie Polskiej”, „Arcanach”, „W Sieci”, „Gazecie Polskiej Codziennie” i „Więzi”. W okresie 1995–1998 był redaktorem naczelnym pisma kombatantów NSZ „Szaniec Chrobrego”. W 2012 został redaktorem naczelnym miesięcznika „Na Poważnie”, a w 2013 objął stanowisko redaktora naczelnego miesięcznika „W Sieci Historii”, który powstał w wyniku przekształcenia tego pisma.