W 1945 został Ministrem Zdrowia, urząd pełnił do 1947. Po odsunięciu w lutym 1947 od działalności politycznej, poświęcił się pracy zawodowej i naukowej. W tymże roku został lekarzem w drugiej klinice wewnętrznej, kierowanej początkowo przez profesora Witolda Orłowskiego, a następnie profesora Mściwoja Semerau-Siemianowskiego. W 1952 uzyskał habilitację. Dwa lata później został etatowym docentem w klinice. W 1963 otrzymał ordynaturę oddziału wewnętrznego w Szpitalu Wojewódzkim w Warszawie i obowiązki te pełnił do ostatniej chwili życia.
Był mężem Franciszki z Rudowskich (1905–1979).
Zmarł w Warszawie, pochowany na cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kwatera C2-6-9).
Rada ds. Sprawiedliwych Wśród Narodów Świata przy Instytucie Pamięci Narodowej Jad Waszem, na posiedzeniu 23 stycznia 1997 odznaczyła pośmiertnie Franciszka Litwina Medalem Sprawiedliwych Wśród Narodów Świata, w dowód uznania, że z narażeniem własnego życia ratował Żydów prześladowanych w latach okupacji hitlerowskiej.
Ordery i odznaczenia