Zbiory biblioteki Biblioteka Jagiellońska jako jedyna z wielkich bibliotek w Polsce szczyci się historycznym księgozbiorem, organicznie związanym z powstaniem i rozwojem uczelni. Narastał on w dużej mierze dzięki licznym darom, legatom i fundacjom, pochodzącym od osób związanych z Wszechnicą Jagiellońską i służył jako warsztat pracy naukowej i dydaktycznej. Większość najwcześniejszych kodeksów rękopiśmiennych i starodruków należała do kolekcji profesorskich, które później dały początek księgozbiorom poszczególnych kolegiów, w tym największemu z nich w Collegium Maius.
Wyjątkowy charakter oraz wartość zbiorów Biblioteki Jagiellońskiej powodują, że w świadomości Polaków była i nadal jest uznawana za książnicę o charakterze narodowym. Dziś również biblioteka Uniwersytetu Jagiellońskiego służy szerokim kręgom naukowców i studentów, a swoje zbiory poszerza m.in.