Rękopisy W skład zbiorów Biblioteki Jagiellońskiej wchodzi wiele rękopisów, m.in.: Minuskuł 653 (Gregory-Aland) XI w., Pontyfikał XI/XII w., Bogurodzica, Jan Długosz – Banderia Prutenorum, Śpiewnik głogowski, Kodeks Baltazara Behema, Paulus Paulirini de Praga – Liber viginti artium, Mikołaj Kopernik – De revolutionibus orbium coelestium, Fryderyk Chopin – Scherzo (E-dur), Stanisław Moniuszko – Trzeci śpiewnik domowy. Muzyka wokalna z towarzyszeniem fortepianu, Stanisław Wyspiański – Wesele. Dramat w 3 aktach, Ignacy Jan Paderewski – Stara Suita (na trzy głosy).
Najcenniejsze druki thumb|Strona tytułowa pierwodruku – O naprawie Rzeczypospolitej (Kraków 1551) Andrzeja Frycza Modrzewskiego. Egzemplarz prywatny króla Zygmunta Augusta. Wpisany na listę Pamięć Świata UNESCO.
De revolutionibus orbium coelestium (Norymberga 1543); O obrotach sfer niebieskich – dzieło Mikołaja Kopernika, które zawiera wykład heliocentrycznej i heliostatycznej budowy wszechświata. Biblioteka Jagiellońska dysponuje dwoma egzemplarzami. Commentariorum de Republica emendanda libri quinque (Kraków 1551);