O godzinie 15:07 Boeing 747 wzbił się w powietrze. Przecinając wysokość 490 m piloci skontaktowali się z kontrolą podejścia na lotnisku w Tajpej, po chwili otrzymali pozwolenie na wznoszenie do pułapu FL260 (26 tys. stóp – 7,9 km). Dziewięć minut po starcie, przecinając poziom FL187, maszyna ponownie skontaktowała się z tajwańskimi kontrolerami i otrzymała pozwolenie na osiągnięcie poziomu FL350.
O godzinie 15:28, gdy samolot znajdował się na zachód od wybrzeży Tajwanu, zniknął z ekranów radarów kontroli naziemnej. Maszyna rozpadła się w powietrzu na kilka części – niektóre z nich zostały odnalezione nieopodal Zhanghua, około 45 km od głównego miejsca katastrofy.
Akcja ratownicza W rejon katastrofy wysłano 6 śmigłowców, 10 okrętów marynarki tajwańskiej i kilka statków przybrzeżnych. Szczątki wraku zlokalizowano około 45 km od Peskadorów – jedną z większych wydobytych części był fragment kokpitu Jumbo-Jeta.