Po rozpoczęciu się tzw. kryzysu przysięgowego, Kozłowski, zagrożony aresztowaniem, ponownie wyjechał do Niemiec. W Tybindze przez pewien czas kontynuował pracę naukową, rozpoczynając tam przewód doktorski. Tematem jego dysertacji była Epoka kamienia na wydmach wschodniej części Wyżyny Małopolskiej (Die Steinzeit im Dünengebiet der kleinpolnischen Höhe, 1923). W sierpniu 1918 uzyskał w Tybindze stopień doktorski z geologii, jednak już jesienią tego roku powrócił do okręgu miechowskiego, gdzie kontynuował działalność w POW. Nadzorował tam zarządzoną przez Piłsudskiego mobilizację.
II Rzeczpospolita Po zakończeniu I wojny światowej Leon Kozłowski przebywał przez pewien czas w okręgu miechowskim, gdzie z powodzeniem koordynował kampanię wyborczą zwolenników Piłsudskiego do Sejmu Ustawodawczego (sam w wyborach nie startował). Jednocześnie pracował nad swoją habilitacją (tytuł pracy: Groby megalityczne na wschód od Odry). 27 maja 1920 w Krakowie wygłosił wykład habilitacyjny pt. Kultury neolityczne w Polsce. Miał wówczas 28 lat. 22 lipca 1920, w obliczu zagrożenia bolszewickiego, zgłosił się do wojska, gdzie został przyjęty w stopniu wachmistrza kawalerii. Przydzielono go do pracy w Sekcji VI Propagandy i Opieki nad Żołnierzem Oddziału II Informacyjnego Naczelnego Dowództwa WP.