W wyborach parlamentarnych w 2005 bezskutecznie kandydował do Senatu.
W latach 1993–1995 pełnił funkcję marszałka Sejmu II kadencji. Od 7 marca 1995 do 7 lutego 1996 zajmował stanowisko prezesa Rady Ministrów. Ustąpił po oskarżeniu go przez ministra spraw wewnętrznych Andrzeja Milczanowskiego (zasiadającego w rządzie z ramienia prezydenta Lecha Wałęsy) o działalność szpiegowską na rzecz Rosji pod pseudonimem „Olin”. Zarzuty te nie zostały potwierdzone.
Od stycznia do kwietnia 2004 zajmował stanowiska wiceprezesa Rady Ministrów i ministra spraw wewnętrznych i administracji w rządzie Leszka Millera. Został wybrany na funkcję marszałka Sejmu IV kadencji 21 kwietnia 2004 po ustąpieniu Marka Borowskiego. Podał się do dymisji po niekorzystnym dla niego nieprawomocnym wyroku sądu lustracyjnego I instancji. 5 stycznia 2005 Sejm odwołał go z tej funkcji stosunkiem głosów 379 do 17 przy 48 wstrzymujących się.
Od 29 czerwca 2003 pełnił funkcję wiceprzewodniczącego SLD, a 18 grudnia 2004 na III kongresie partii został wybrany na jej przewodniczącego, zastępując Krzysztofa Janika. Zrezygnował z tej funkcji 21 maja 2005. Od 29 marca 2007 do 1 lutego 2010 był bezpartyjny.