Kościół posiadał unikatowe drewniane wiszące sklepienie nie unoszące się ku górze, lecz opuszczające się ku dołowi, przedstawiające jak gdyby spływającą z góry łaskę Bożą. W czasie przebudowy w latach dziewięćdziesiątych XIX wieku mistrz ciesielski Fechter rozbudował również sklepienie w nowo powstałej części kościoła.
W czasie walk o Elbląg kościół został wypalony, a jego wyposażenie nie wiadomo czy ewakuowane, czy również spalone. Po 1958 roku część z XIX wieku w postaci transeptu i prezbiterium rozebrano, pozostawiając część gotycką. 9 stycznia 1973 rozpoczęto prace budowlano-adaptacyjne obiektu na siedzibę Spółdzielczego Domu Kultury "Pegaz". Projekt przygotował arch. Andrzej Macur. Prace przy odbudowie trwały cztery lata, część robót wykonano w czynie społecznym. W gotyckie mury kościoła wkomponowane betonowe stropy, od strony ulicy, zamiast apsydy, zrobiono wielką szklaną witrynę. Dach SDK był płaski zamiast dwuspadowego, wylano tylko symboliczne żelbetowe krokwie. Taka bryła budziła wiele kontrowersji. W 1977 roku Spółdzielczy Dom Kultury „Pegaz” został otwarty.
W grudniu 1981, na tydzień przed stanem wojennym, ówczesny wojewoda elbląski na wniosek NSZZ Solidarność wydał decyzję o przekazaniu kościoła pw. Bożego Ciała rzymskokatolickim władzom kościelnym. W 1993 roku budowla częściowo odzyskała dawny kształt.