Status zagrożenia i ochrona Międzynarodowa Unia Ochrony Przyrody (IUCN) uznaje gadożera za gatunek najmniejszej troski (LC – least concern) nieprzerwanie od 2006 roku. W 2021 roku organizacja BirdLife International szacowała liczebność populacji europejskiej wraz z całą Turcją na 19 800 – 31 900 dorosłych osobników. Na tej podstawie liczebność światowej populacji szacowana jest na 50 000 – 99 999 dorosłych osobników. Globalny trend liczebności populacji uznaje się za stabilny, ale np. w Europie liczebność tych ptaków rośnie.
Wymieniony w I załączniku Dyrektywy ptasiej, który wyszczególnia gatunki objęte szczególnymi środkami ochronnymi, obejmującymi także ich siedliska.
W Polskiej czerwonej księdze zwierząt z 2001 roku uznany za krytycznie zagrożony (CR – critically endangered), tę samą kategorię otrzymał na Czerwonej liście ptaków Polski z 2020 roku. W Polsce objęty ochroną gatunkową ścisłą, wymaga ochrony czynnej. Wokół gniazd gadożerów obowiązuje strefa ochronna: przez cały rok w promieniu do 200 m, a okresowo (od 1 marca do 30 września) – w promieniu do 500 m od gniazdaRozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 16 grudnia 2016 r.