Nie przekłada się to jednak na nadmierne rozmnażanie myszołowów w takim środowisku, co często jest mylnie w ten sposób tłumaczone. Również je dotykają choroby i wypadki, a w ekosystemach, w których występują, ilość pokarmu przewyższa zdolności łowieckie drapieżników. Niszczenie gniazd przez człowieka lub celowe odstrzały nie są zatem uzasadnione.
Głównymi naturalnymi zagrożeniami dla tych ptaków są kuny leśne, puchacze, orły przednie i jastrzębie.
Status, zagrożenia i ochrona Międzynarodowa Unia Ochrony Przyrody (IUCN) uznaje myszołowa za gatunek najmniejszej troski (LC – least concern). Liczebność światowej populacji, obliczona w oparciu o szacunki organizacji BirdLife International dla Europy z 2021 roku, mieści się w przedziale 2,0–3,5 milionów dorosłych osobników. Globalny trend liczebności populacji uznaje się za wzrostowy.
W Polsce objęty ochroną gatunkową ścisłąRozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 16 grudnia 2016 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt ().. Na Czerwonej liście ptaków Polski został sklasyfikowany jako gatunek najmniejszej troski (LC). W latach 2013–2018 liczebność krajowej populacji lęgowej szacowano na 48–55 tysięcy par.