W okresie od kwietnia do października 2005 roku w nowym studiu, Castle of Doom w Glasgow Mogwai nagrywał swój piąty album studyjny. Miksowanie utworów zostało ukończone w połowie października, a produkcją albumu zajął się Tony Doogan. Do początkowych wydań dołączona została płyta DVD, zawierająca 40-minutowy dokument, The Recording Of Mr. Beast. Album został wydany 3 marca 2006 roku w Stanach Zjednoczonych, a 6 marca 2006 w Wielkiej Brytanii i Europie. Od strony muzycznej kontynuował refleksyjny kierunek, w jakim zespół podążał w latach 2000. Zdobył 128. miejsce na liście Billboard 200 i 31. miejsce na UK Albums Chart, a singiel „Friend of the Night” stał się hitem Top 40 w Wielkiej Brytanii. W następnym roku Mr. Beast uzyskał w Europie status złotej płyty. Dwa utwory z albumu: „Auto Rock”, „We’re No Here” znalazły się na ścieżce dźwiękowej do filmu Miami Vice.