Bóg pragnie dobra zarówno w swej woli zapowiadającej, a tego, co lepsze, w swej woli realizującej. Leibniz szczególnie dużo miejsca poświęca usprawiedliwieniu Boga w aspekcie zła fizycznego, jako tego najbardziej odczuwalnego i dokuczliwego. Twierdzi, że Bóg nie chce go w sposób absolutny, tylko używa w pewnych celach, które i tak ostatecznie prowadzą do dobra, a więc realizowane jest założenie woli zapowiadającej. Doskonałym przykładem jest tutaj męka Chrystusa, który poprzez cierpienie doprowadzi do ogromnego dobra – zbawienia. Zło fizyczne to kara za grzechy, ale także coś na kształt „zła mniejszego”, to znaczy używanego przez Stwórcę w celu zapobieżenia większemu złu lub wręcz jako drogi dla zapewnienia dobra. Fizyczne cierpienia – jako jeden z niezbędnych elementów kary – to bardzo skuteczny środek odstraszający dla ludzi, którzy dzięki temu łatwiej wystrzegają się grzechu. Poza tym, człowiek cierpiący w większym stopniu docenia dobro – po zakończeniu męki. Filozof porównuje tutaj człowieka do ziarna, które zasiane – a więc poddane cierpieniu pod ziemią, zniszczone wręcz – zakiełkuje. Tak samo człowiek dzięki złu fizycznemu często przechodzi proces doskonalenia wewnętrznego.