Od 1936 Robert Schälzky rezydował w pałacu w Bruntálu. Po układzie monachijskim z 30 września 1938 próbował powstrzymać likwidację zakonu krzyżackiego. Rozmawiał w tym celu z Konradem Henleinem i pisał do Adolfa Hitlera. Mimo jego starań zakon został zlikwidowany 7 lutego 1939. Wówczas wielki mistrz musiał opuścić pałac w Bruntálu i zamieszkał w miejscowości Podlesí, w powiecie Karwina na Śląsku Cieszyńskim.
Po II wojnie światowej, w 1945, Robert Schälzky powrócił na krótko do Opawy, chcąc odzyskać majątek zgromadzenia i reaktywować zakon krzyżacki. Rząd Czechosłowacji nie wyraził jednak na to zgody i w 1946 ponownie skonfiskował zakonny majątek, zarzucając zakonowi, że działał wraz z hitlerowcami na rzecz germanizacji i popierał władze nazistowskie, a nawet że mordował Słowian w średniowieczu. Zakonnicy odwołali się do czechosłowackiego Najwyższego Sądu Administracyjnego, który orzekł nieważność konfiskaty, ale wskutek przejęcia władzy przez komunistów pozostała ona w mocy. Schälzky został zmuszony do wyjazdu do Wiednia i dopiero tam odnowił zakon krzyżacki.