Produkcja Projekt Podniebna poczta Kiki zaczął się wiosną 1987 roku, kiedy koncern Fudosha zapytał wydawcę książki Eiko Kadono o możliwość stworzenia adaptacji filmowej, reżyserowanej przez Hayao Miyazakiego lub Isao Takahatę ze Studia Ghibli. Ponieważ w tym czasie zostały już zatwierdzone do produkcji Mój sąsiad Totoro Miyazakiego oraz Grobowiec świetlików Takahaty, żaden z nich nie był w tym momencie gotowy do zajęcia się nowym projektem.
Miyazaki podjął się roli producenta filmu, podczas gdy stanowisko reżysera pozostawało nieobsadzone. We wstępnej fazie projektu, wraz ze zbliżaniem się ku końcowi ekranizacji Totoro, kolejni członkowie Studia Ghibli byli rekrutowani do pracy nad Podniebną pocztą Kiki. Projektem postaci zajął się Katsuya Kondo, pracujący z Miyazakim nad Totoro. Hiroshi Ohno, później znany z produkcji takich jak Jin-Roh, został dyrektorem artystycznym, po części dlatego, że zażądał tego inny członek pracującego nad Totoro zespołu Miyazakiego, Kazuo Oga.